Seita y Setsuko son hijos de un oficial de la marina japonesa que viven en Kobe, Japón. Un día, durante un bombardeo, no consiguen llegar a tiempo al búnker donde su madre les espera. Cuando después buscan a su madre, la encuentran malherida en la escuela, que ha sido convertida en un hospital de urgencia. Tras fallecer, Seita se ve obligado a poner a su hermana a salvo, es aquí donde las cosas comienzan a tomar un tono más oscuro.
