La historia se centra en los estudiantes de una escuela de Tokio fundada por el gobierno japonés con el fin formar a los jóvenes que en el futuro serán el sustento institucional del país. La metodología de la enseñanza de esta escuela es poco convencional, puesto que los estudiantes residen en la misma, apartados del resto de la sociedad, y por medio del estudio y su comportamiento se autosustentan, utilizando puntos de calificación como dinero. La clase se divide en cuatro categorías (A, B, C y D), en el que la A es la de mayor nivel de inteligencia y destreza, y la D siendo la de menores atributos.
El principal enfoque se realiza sobre Kiyotaka Ayanokouji, un estudiante misterioso que busca la manera mas pacífica de coexistir con sus compañeros, y su relación con éstos, en especial con su compañera de banco, Suzune Horikita.
